Existen cinco grupos de trabajo de enfermedades especificas: “Garrapatas y enfermedades asociadas”, “Influenza aviar y Newcastle”; “Enfermedades porcinas” (primeras reuniones en 2009), “Salmonelosis” (primera reunión en 2010) y “Rabia” (aún no se ha reunión). Desde 2011, los dos últimos grupos de trabajo fueron mesclado en un grupo de Salud Pública veterinaria.

Cada grupo de trabajo de enfermedades específicas tiene objetivos similares que son:

- Aportar su experiencia regional sobre la(s) enfermedad(es) que trata;

- Trabajar en la armonización de la vigilancia, del control y de las estrategias;

- Proporcionar un sistema de comunicación y una gestión de bases de datos regionales;

- Mejorar las capacidades de diagnóstico (formaciones, ensayos interlaboratorios);

- Definir los planes de emergencia regionales, etc.