Cinq groupes de travail, chacun spécifique d'une maladie ont été créés : Tiques et maladies à tiques, Peste Porcine Classique et Influenza aviaire (premières réunions en 2009), Salmonelloses (première réunion en 2010) et Rage (aucune réunion à l'ordre du jour). Depuis 2011, les deux derniers groupes de travail ont été rassemblés dans un groupe de santé publique vétérinaire.

Chaque groupe de travail spécialisé dans une maladie possède des objectifs similaires qui sont :

- De fournir une expertise régionale sur la maladie les concernant

- De travailler sur des systèmes de surveillance, de contrôle et de stratégie harmonisés

- D’assurer un système de communication et de gestion de bases de données régional

- D’améliorer les capacités de diagnostic (formations, essais inter-laboratoires)

- De définir des plans d’urgence régionaux…